納稅義務人應於房屋買賣、承典、交換、贈與及分割契約成立之日起30日內，填具契稅申報書，檢附公定格式契約書及相關文件，向當地主管稽徵機關申報契稅。
如果房屋移轉發生糾紛時，民眾以和解、調解或判決方式取得房屋，仍應申報繳納契稅，才可以辦理房屋移轉變更登記。和解案件是以法院發給和解筆錄之日；調解案件是以領得法院核定調解書之日；判決案件則是以法院判決確定日為申報起算日。
房屋經法院判決確定而有買賣、承典、交換、贈與及分割等應申報契稅之情形，如未依規定之期限申報者，除繳納稅額外，每超過3日，加徵應納稅額1%之怠報金，最高以應納稅額為限，但不得超過新臺幣15,000元。民眾如有應報繳契稅情形者，請注意申報期限，避免逾期受罰。