納稅義務人如未依法辦理綜合所得稅結算申報，經稽徵機關「核定」補徵應納稅額者，不適用列舉扣除額計算稅額。
舉例說明，張君105年度綜合所得總額已超過當年度規定之免稅額及標準扣除額合計數，但有實際支付醫藥費、捐贈等列舉扣除項目，經自行以列舉扣除額試算綜合所得稅後，應自行繳納金額為零，故未辦理綜合所得稅結算申報。經稽徵機關對未申報案件核定則以標準扣除額核算有應納稅額，張君接獲稅單後依規定不得主張改採列舉扣除額。 納稅義務人若以列舉扣除額計算綜合所得稅，不論有無應自行繳納金額，均應檢具相關證明文件辦理結算申報，以供稽徵機關核認，以免影響自身權益。
