總機構在我國境內之營利事業，依所得稅法第3條規定，應將境內及境外全部營利事業所得合併申報納稅，境外所得已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，可在因加計其國外所得而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額之限額內，自國內營利事業所得結算應納稅額中扣抵。
依所得稅法施行細則第2條規定，營利事業因加計其國外所得而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額，其計算公式為：國內所得額與國外所得額之合計數依國內適用稅率計算之全部所得額應納稅額－國內所得額依國內適用稅率計算之國內所得額應納稅額。惟計算扣抵限額時，應留意國外所得額係指國外收入減除其相對應成本費用後之餘額，而非逕按國外收入全數作為國外所得。
甲公司109年度營利事業所得稅結算申報列報全部所得900萬元，包含境內所得500萬元、境外所得400萬元（國外收入600萬元－相關成本費用200萬元），已繳納國外所得稅84萬元，惟其因加計國外所得而增加之結算應納稅額為80萬元（全部所得額900萬元×稅率20%－國內所得額500萬元×稅率20%），因此甲公司僅得列報境外所得可扣抵稅額80萬元。
總機構在我國境內的營利事業，列報境外所得可扣抵稅額時，應注意將國外收入減除其相對應成本費用後之餘額計算扣抵限額，以免遭調整補稅，影響自身權益。
