獨資、合夥組織之營利事業依規定應辦理年度所得稅結算申報，惟無須計算及繳納其應納之結算稅額，而係就其盈餘核課獨資資本主或合夥人綜合所得稅營利所得，但如經稽徵機關核定其營利事業所得稅結算申報有短漏所得額，仍應依當年度適用之營利事業所得稅率計算之金額裁處罰鍰。
依所得稅法第71條第2項規定，獨資、合夥組織之營利事業依規定辦理年度所得稅結算申報，無須計算及繳納其應納之結算稅額，其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人列為營利所得，課徵綜合所得稅，另同法第110條第1項規定，納稅義務人已依本法規定辦理結算、決算或清算申報，而對依本法規定應申報課稅之所得額有漏報或短報情事者，處以所漏稅額2倍以下之罰鍰，同條第4項規定納稅義務人為獨資、合夥組織之營利事業，應就稽徵機關核定短漏之所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額，依同條第1項之規定處罰。
甲獨資商號108年度營利事業所得稅結算申報短漏報營業收入5,100萬元，扣除成本費用後，短漏報營利所得額1,100萬元，依法雖無須計算及繳納營利事業所得稅，惟仍有短漏報所得額情事，依規定仍應依當年度適用營利事業所得稅稅率20%計算之金額220萬元，裁處罰鍰。
納稅義務人應誠實申報依法納稅，如有發現上述應申報而未申報之營業收入，依稅捐稽徵法第48條之1規定，只要在未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，主動向所轄稽徵機關補申報，可免予處罰。
