財政部臺北國稅局表示，臺灣地區人民經國內公司派駐或自行應聘至大陸地區任職，即使大陸地區公司給付之薪資所得已在大陸地區繳納所得稅，仍應併入當年度綜合所得總額申報繳納綜合所得稅。倘經查獲漏未申報，除依法補徵稅款外，應按所漏稅額裁處罰鍰。
該局說明，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條第1項及其施行細則第21條第5項規定，臺灣地區人民有大陸地區來源所得者，應併同臺灣地區來源所得課徵所得稅，其在大陸地區已繳納的稅額，取得大陸地區稅務機關發給並經財團法人海峽交流基金會驗證之納稅憑證，得自當年度應納之綜合所得稅額中扣抵，惟不得超過因加計大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額。
該局舉例說明，納稅義務人甲君107年度派駐至大陸地區工作，其取自大陸地區來源所得50萬元，未併入當年度綜合所得稅辦理結算申報，經核定補稅6萬元並處罰鍰。甲君主張以自然人憑證所查得之各類所得資料，並未包括該筆薪資所得，且以為在大陸地區已繳納稅捐，不必再申報。惟稽徵機關提供納稅義務人查詢之各類所得資料範圍，並未包括大陸地區來源所得，且利用電子報稅憑證查詢、下載之所得，僅供申報時參考，如尚有其他來源之所得資料，仍應自行依法辦理申報。嗣甲君依上開規定補提示在大陸地區已繳納稅捐證明，經減除大陸地區已納所得稅可扣抵稅額2萬5千餘元後，重行計算補徵稅額及罰鍰。
該局特別提醒，納稅義務人如有取自大陸地區來源所得，應併入當年度綜合所得總額申報並繳納稅款，以免因短漏報所得而受罰。
